집권 후 대원군은 즉각 상품의 매점행위를 중지시키고 1000여 명의 시전상인들을 처형했다. 또한 대원군은 행방이 묘연한 민비의 국상을 서둘러 시신 없이 국상을 치룰 수 없다는 반대를 무릅쓰고 민비의 옷을 시신삼아 염을 한 뒤 관에 넣고 장례식을 치러 민비의 죽음을 기정사실화했다.
그러나 곧 청이 개입하고 나섰다. 청나라의 오장경은 이홍장 부대의 최정예 3,000명을 이끌고 인천의 일본군을 피해 8월 20일 경기도 남양만의 마산포에 상륙했다. 상륙하자마자 민가를 약탈하는 등 행패를 부린 청군은 수원을 거쳐 8월 25일 서울에 도착 해 8월 26일 고종을 예방한 뒤 운현궁을 대원군을 예방 한 자리에서 청군막사로 와줄 것을 요청했다.
별다른 생각 없이 그날 오후 청군 막사를 방문한 대원군은 그 자리에서 포로가 되어 중국 톈진으로 압송되어 4년간의 유폐 생활을 하게 된다.
임오군란 이후 청의 세력에 의지하는 민 씨 일파가 정권을 장악하게 되었고 청은 원세계가 이끄는 군대를 서울에 남겨놓고 내정을 간섭하기 시작했고 일본으로 도망친 일본공사 하나부사는 8월 12일 육군보병 1개 대대, 네 척의 군함 등 1,200여 명의 병력을 이끌고 서울에 침입해 지금의 충무로 2가와 을지로 2가 일대에 주둔하며 보상을 요구했다.
이에 조선정부는 8월 30일 제물포조약을 체결하여 주권을 침해당했다. 제물포조약 제5조에는 일본공사관에 약간의 경비 병력을 둘 수 있게 하여 공사관수비대 또는 공사관호위대라는 이름의 1개 중대가 남게 되었다.
김옥균, 박영호, 홍영식, 서광법 등 급진개혁파들은 청의 내정간섭과 청에 의존하는 정부의 사대정책에 반발하여 자주독립의 의지를 더욱 공고히 하는 계기가 되었다.
특히 1882년 10월 4일 청의 강요에 못 이겨 체결한 ‘조청상민수륙무역장정’은 조선이 청의 속국임을 명기하고 있을 뿐만 아니라 다른 조항들도 하나같이 불평등한 내용을 담고 있어 급진개혁파의 청에 대한 반감은 더욱 커졌다.
이 장정으로 인해 청인들에게 서울 지역에서 점포를 갖추어 상거래를 할 수 있는 권리를 부여했을 뿐만 아니라 여행권을 소지할 경우 개항장 밖으로의 통상이 가능한 내지통상권과 더불어 연안 무역권까지 인정되어 전국의 상권이 위협을 받게 되었다.
임오군란은 조선의 상황을 더욱 복잡하게 만들어 조선에서 일본세력을 약화시키고 청의 지위를 상대적으로 강화시키는 결과를 초래했지만 그와 동시에 개화정책을 강력하게 추진하는 계기가 되었다.
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